Prodi S2 Pendidikan Sains merupakan salah satu prodi unggul di Pascasarjana Universitas Negeri Surabaya (Unesa). Prodi ini berdiri sejak tanggal 21 Desember 2006 berdasarkan surat ijin pendirian No. 4095/D/T/2006 dan mendapatkan ijin operasional tertanggal 11 Juli 1996  berdasarkan SK No. 247/Dikti/Kep/1996 sebagai konsentrasi S2 Pendidikan Sains. Saat ini Prodi S2 Pendidikan Sains Pascasarjana Unesa terakreditasi A berdasarkan surat keputusan BAN PT No 4874/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2017.