Prodi S2 Pendidikan Sains merupakan salah satu prodi unggul di Pascasarjana Universitas Negeri Surabaya (Unesa). Prodi ini berdiri sejak tanggal 21 Desember 2006 berdasarkan surat ijin pendirian No. 4095/D/T/2006 dan mendapatkan ijin operasional tertanggal 11 Juli 1996  berdasarkan SK No. 247/Dikti/Kep/1996 sebagai konsentrasi S2 Pendidikan Sains. Prodi S2 Pendidikan Sains didirikan dengan tujuan untuk memenuhi kebutuhan tenaga pendidik (guru dan atau dosen) maupun praktisi pendidikan dalam bidang sains pada level pendidikan dasar (SMP), pendidikan menengah (SMA), dan perguruan tinggi. Walaupun saat ini sudah banyak prodi S2 pendidikan sains dimiliki oleh banyak perguruan di Indonesia, S2 Pendidikan Sains tetap menjadi pilihan dan menjadi destinasi pendidikan program magister bagi sarjana S1 dari Jawa Timur maupun Indonesia Timur.  

Saat ini Prodi S2 Pendidikan Sains Pascasarjana Unesa terakreditasi A berdasarkan surat keputusan BAN PT No 4874/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2017. Prodi ini sangat potensial dalam mempersiapkan para alumni untuk menjadi akademisi, praktisi, dan peneliti yang handal di bidang pendidikan sains. Dengan didukung tenaga pengajar yang berpengalaman, Prodi S2 Pendidikan Sains mampu memberikan layanan pendidikan terbaik dalam bidang pendidikan sains. Selain produk-produk penelitian pembelajaran yang banyak dihasilkan, publikasi dari dosen dan mahasiswa juga sangat menarik untuk dipertimbangkan.

Fokus pembelajaran di Prodi S2 Pendidikan Sains Pascasarjana Unesa adalah mengembangkan kompetensi mahasiswa di bidang sains sesuai dengan tuntutan kebutuhan abad 21 yaitu berpikir kreatif (creative thinking), berpikir kritis dan pemecahan masalah (critical thinking and problem solving), berkomunikasi (communication), dan berkolaborasi (collaboration). Untuk mewujudkan hal tersebut, Prodi S2 Pendidikan Sains menekankan penelitian dan pembelajarannya pada pengembangan literasi sains (science literacy), keterampilan berpikir kritis (Critical Thinking Skills), HOTS (Higher Order Thinking Skils), TPACK (Technology, Peadagogy, Content, Knowledge), STEAM (Science, Technology, Engineering, Art, and Mathematics), dan ESD (Education for Sustainable Development). Bidang-bidang ini merupakan trend penelitian dan pembelajaran yang disiapkan oleh Prodi S2 Pendidikan Sains Unesa dalam membekali mahasiwa untuk menjawab perubahan dan tantangan di masa sekarang maupun yang akan datang.  Setelah menempuh pendidikan di Prodi Pendidikan Sains Pascasarjana Unesa diharapkan mahasiswa memiliki kemampuan untuk berpikir secara kritis (to think critically), memberikan alasan secara analitis (to reason analytically), dan mencipta secara produktif (to creat productively).