Program S-2 Pendidikan Sains merupakan Program Pendidikan Strata 2/S-2 (Magister) terakreditasi A di Universitas Negeri Surabaya. Program S-2 Pendidikan Sains dapat ditempuh setelah menyelesaikan Program Sarjana Pendidikan IPA (S-1), Sarjana Pendidikan Fisika (S-1), Sarjana Pendidikan Kimia (S-1), Sarjana Pendidikan Biologi (S-1), dan Sarjana IPA (S-1)serta program S-1 Kimia, Fisika, Biologi, dan IPA. Program S2 Pendidikan Sains secara organisatoris berada di bawah koordinasi Pascasarjana Unesa dan FMIPA Universitas Negeri Surabaya dan dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi.